上海交通大学医学院现已发展成为一所享有较高国际声誉，师资力量雄厚，优势特色明显，学术成绩卓著，集医、教、研以及社会服务全面发展的研究型、创新型院校，综合实力稳居全国前列。医学院现有国家教育部重点学科（三级学科）16个，临床学科、口腔学科、基础学科、药学（与交大药学院共建）等四个学科成为国家“双一流”建设学科。

科研基地及平台建设成绩显著。医学院拥有1个国家重大科技基础设施（转化医学国家重大科技基础设施（上海）项目），2个国家重点实验室，1个国家工程研究中心，1个国家国际科技合作基地。

上海交通大学医学院附属瑞金医院建于1907年，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院。医院共设有46个临床学科和9个公共学科；现有国家教育部重点学科4个（血液病学、内分泌与代谢病学、心血管病学、神经病学）；国家临床重点专科项目22个和国家临床重点实验室1个（消化内科、麻醉科、重症医学科、临床护理、骨科、检验科、心血管内科、内分泌科、血液科、儿科消化专业、肾脏内科、皮肤科、神经内科、呼吸内科、急诊科、普外科、烧伤科、感染科、肿瘤中心、老年病科、放射影像、中医肿瘤、内分泌代谢病重点实验室）；目前也是国家中西医结合示范单位。

上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心是由上海市人民政府与世界健康基金会合作共建的一所集医、教、研于一体的三级甲等儿童专科医院。2017年1月，经国家卫计委审批同意，成为国家儿童医学中心的建设主体单位之一。医院拥有多个在国内外具有重要影响力的优势特色学科，如小儿心血管、儿童血液肿瘤、儿童保健（发育行为儿科）。心脏中心是国内建立最早、全球规模最大的小儿先心病诊治中心，儿童血液肿瘤中心已成为国内规模最大的诊治中心。儿童保健（发育行为儿科）专业是我国该学科领域的发源地之一。

上海交通大学医学院附属上海市精神卫生中心始建于1935年，前身为上海普慈疗养院。上海市精神卫生中心是三级甲等精神卫生专科医院，是全国规模最大、业务种类最全、领衔学科最多的精神卫生机构。临床科室齐全、技术力量雄厚，主要诊治精神分裂症、心境障碍、器质性精神障碍、儿童青少年及老年期精神障碍、神经症性障碍等各类精神障碍患者及药物依赖患者。中心设有普通精神科以及老年、康复、临床心理、儿少、传染、自愿戒毒等临床科室。

上海交通大学医学院附属同仁医院，成立于1866年，是上海开埠以来最早的西医院之一。19世纪末开展本市第一例眼科手术、卵巢切除术，上世纪70年代研制出中国第一台彩色电视胃镜。医院于1896年，成为圣约翰书院医学院（上海交通大学医学院前身）的实习医院，上世纪初建立了中国最早的护士学校。医院建设了上海市住院医师规范化培训基地7个和国家级全科培训基地。

脑科学等医疗机器人研究将是医疗机器人研究院与医学院合作的重点方向。目前医疗机器人研究院与医学院已合作研发了经颅超声刺激系统样机、经颅超声刺激导航系统样机，开展经颅超声刺激在脑功能和精神类脑疾病的治疗研究，发展精神类脑疾病的新型物理治疗方法。研究院与医学院开展了智能软体手功能康复机器人研究，融合国际领先的主从式康复技术实现复杂精细的手指动作康复训练和量化评估。